有影响。
PCI-E4.0和PCI-E3.0比较当然有影响，英伟达官方也解释说，使用它，PCI-E4.0和PCI-E3.0会有几个百分比的性能差异，换句话说，是有影响的，但是这个危害不是很大。
PCI-Express（peripheral component interconnect express）它是一种快速串行计算机扩展总线规范，其原名为3GIO2001年由英特尔提出，旨在取代老旧PCI，PCI-X和AGP总线规范。
2011年11月29日，PCI-SIG公布PCI Express4.0给予16Gb / s比特率，使PCI Express3.0提供的带宽翻了一番，同时保持了软件支持与二手机械接口的向后兼容性。 PCI Express4.还将带来0规格OCuLink-2，这是Thunderbolt连接器的替代品。 OCuLink版本2将达到16GT / s（一共8GB / s×4通道），而Thunderbolt连接器最大带宽为53GB / s。 此外，还要研究主动性和空余功率的提高。 最终规格预计将于2017年公布。
因此，建议更换主板或最好PCI-E4.0的。
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